最新冷冻电镜(cryo-EM)图像重构GPU工作站配置推荐2023v1
升级和更新日期：2023年02月16日
升级关键点：
（1）硬件配置：GPU采用最新RTX4080/RTX4090，整体性能提升
（2）系统和软件：支持Relion、SCIPION、CRYOSPARC，全部装好，机器到手，开机即用
（3）价格下调
（一）GPU计算卡升级换代
【GPU计算卡】已经升级换代，已经从RTX20系列升级到RTX30系列，可供选择的高速GPU卡：RTX3070、RTX3080、RTX3090、RTX A6000，处理性能大幅提升，其算力大致如下：
|
No |
型号 |
卡数 |
CUDA核数 |
FP32 (单位Tflops） |
张量计算FP16(单位Tflops) |
显存带宽GBs |
显存合计GB |
|
1 |
A6000 |
8块 |
86016 |
320 |
2496 |
768 |
384 |
|
2 |
RTX3090 |
8块 |
83968 |
285 |
2280 |
936 |
192 |
|
3 |
A6000 |
7块 |
75264 |
280 |
2184 |
768 |
336 |
|
4 |
RTX3090 |
7块 |
73472 |
249 |
1995 |
936 |
168 |
|
5 |
A6000 |
6块 |
64512 |
240 |
1872 |
768 |
288 |
|
6 |
RTX3080 |
8块 |
69632 |
238 |
1904 |
760 |
80 |
|
7 |
A5000 |
8块 |
65536 |
222 |
1728 |
768 |
192 |
|
8 |
RTX3090 |
6块 |
62976 |
213 |
1710 |
936 |
144 |
|
9 |
A6000 |
5块 |
53760 |
200 |
1560 |
768 |
240 |
|
10 |
RTX3080 |
6块 |
52224 |
179 |
1428 |
760 |
60 |
|
11 |
RTX3090 |
5块 |
52480 |
178 |
1425 |
936 |
120 |
|
12 |
A5000 |
6块 |
49152 |
166 |
1302 |
768 |
144 |
|
13 |
A6000 |
4块 |
43008 |
160 |
1248 |
768 |
192 |
|
14 |
RTX3080 |
5块 |
43520 |
149 |
1190 |
760 |
50 |
|
15 |
RTX3090 |
4块 |
41984 |
142 |
1140 |
936 |
96 |
|
16 |
RTX3080Ti |
4块 |
69632 |
136 |
1064 |
912 |
48 |
|
17 |
RTX3070 |
7块 |
41216 |
142 |
1141 |
448 |
56 |
|
18 |
A5000 |
5块 |
40960 |
139 |
1085 |
768 |
120 |
|
19 |
RTX3070 |
6块 |
35328 |
122 |
978 |
448 |
48 |
|
20 |
RTX3080 |
4块 |
34816 |
119 |
952 |
760 |
40 |
|
21 |
A5000 |
4块 |
32768 |
111 |
868 |
768 |
96 |
|
22 |
RTX3090 |
3块 |
41984 |
107 |
855 |
936 |
72 |
|
23 |
RTX3080Ti |
3块 |
34816 |
102 |
798 |
912 |
36 |
|
24 |
RTX3070 |
5块 |
29440 |
102 |
815 |
448 |
40 |
|
25 |
RTX3080 |
3块 |
34816 |
89 |
714 |
760 |
40 |
|
26 |
A5000 |
3块 |
24576 |
83 |
651 |
768 |
72 |
|
27 |
RTX3070 |
4块 |
23552 |
81 |
652 |
448 |
32 |
|
28 |
A6000 |
2块 |
21504 |
80 |
624 |
768 |
96 |
|
29 |
RTX3090 |
2块 |
20992 |
71 |
570 |
936 |
48 |
|
30 |
RTX3080Ti |
2块 |
20480 |
68 |
532 |
912 |
24 |
|
31 |
RTX3070 |
3块 |
23552 |
61 |
489 |
448 |
24 |
|
32 |
RTX3080 |
2块 |
17408 |
60 |
476 |
760 |
20 |
|
33 |
A5000 |
2块 |
16384 |
55 |
432 |
768 |
48 |
|
34 |
RTX3070 |
2块 |
11776 |
41 |
326 |
448 |
16 |
|
35 |
A6000 |
1块 |
10752 |
40 |
312 |
768 |
48 |
|
36 |
RTX3090 |
1块 |
10496 |
36 |
285 |
936 |
24 |
|
37 |
RTX3080Ti |
1块 |
10240 |
34 |
266 |
912 |
12 |
|
38 |
RTX3080 |
1块 |
8704 |
30 |
238 |
760 |
10 |
|
39 |
A5000 |
1块 |
8192 |
28 |
217 |
768 |
24 |
|
40 |
RTX3070 |
1块 |
5888 |
20 |
163 |
448 |
8 |
另外，与以前的版本相比，【RELION 3.1】中的新功能允许更快、更自动化和更高分辨率的冷冻电镜结构测定。
RTX3090处理能力的测试截图：
相关测试证明 RTX3090比上一代RTX2080ti，3D分类 加速40%，二维分类加速70%
数据来源：https://www.linuxvixion.com/blog/relion-fastest-ever-benchmark/
（二）UltraLAB冷冻电镜计算设备机型介绍
西安坤隆计算机科技有限公司自2019年推出基于冷冻电镜图像重构工作站配置方案，至今已二年多，UltraLAB工作站将升级换代，推出新机型配置方案，其特点具有架构更新、计算速度更快、存储容量更大。
第1类 UltraLAB GA300/GT420（服务器级）产品特点
技术规格
|
NO |
机型 |
GA300 |
GT420 |
|
1 |
CPU |
Intel 11代高频处理器 6核@4.8GHz 8核@4.8GHz
|
Intel 3代Xeon处理器 |
|
2 |
芯片组 |
Z590+PCH |
C621A+PCH |
|
3 |
内存 |
DDR4 3200 最大128GB |
DDR4 2933 最大1TB |
|
4 |
GPU |
最大2块（双/三槽卡） 双PCIe 4.0 x8 |
最大2块（三槽卡） 最大4块(双槽卡) |
|
5 |
硬盘位 |
8个3.5寸 最大144TB |
8个3.5寸 最大144TB |
|
6 |
电源 |
2000W |
2000W |
特点：
【GA300机型】支持PCIe 4.0 x16，如果是双卡，每个卡的接口PCIe 4.0 x8，相当于PCIe 3.0 x16
【GT410机型】最大特点是内存比GA300能提供更大容量内存
第2类 GT420M/GX650M（工作站级）产品特点
技术规格
|
NO |
机型 |
GT420M |
GX650M |
|
1 |
CPU |
1颗Xeon三代可扩展处理器 43xx/53xx/6300x/8300x系列（最大40核） |
2颗Xeon 三代可扩展处理器 43xx/53xx/63xx/83xx系列（最大80核） |
|
2 |
芯片组 |
C621A+PCH |
C621A+PCH |
|
3 |
内存 |
DDR4 3200/2933/2666 最大1TB |
DDR4 3200/2933/2666 最大2TB |
|
4 |
GPU |
最大4块（双/三槽卡） 四个PCIe 4.0 x8 |
最大6块（三槽卡） 最大7块(双槽卡) 6个PCIe 4.0 x16（全速） |
|
5 |
硬盘位 |
16个3.5寸 最大270TB |
16个3.5寸 最大270TB |
|
6 |
电源 |
双2000W |
双2000W |
|
7 |
噪音等级 |
静音级 |
静音级 |
特点：
GT420M机型 与其他品牌机器相比，这是市场上唯一可以支持4块三槽GPU卡、最大270TB，同时静音的工作站。
GX650M机型最大特点是目前市场上唯一支持6块三槽GPU卡，全部PCIe x16，最大270TB存储，还能整机保证静音级。
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（三）冷冻电镜GPU工作站硬件配置推荐2023v1
|
NO |
品牌与型号 |
配置规格 |
算力 FP32 Tflops |
价格 |
求解能力 图片分辨率参考 |
|
1 |
GA320P 15164-36T2X |
intel 13代高频处理器（14核，其中6核@5.1GHz，8核3.9GHz ）/ 64GB DDR5 /2*RTX4080 16GB/1TB M2.SSD系统盘 /2*18TB SATA企业级/双式(2000w)/27寸-4K显示器 |
80T |
71000 |
200x200 |
|
2 |
GA300 149128-48T2T |
intel 13代高频处理器（16核，其中8核@5.3GHz，8核4.0GHz ）/ 128GB DDR5 /2*RTX4090 24GB /2TB M2.SSD系统盘 / 3*18TB SATA企业级/双塔式(2000w)/ 27寸-2K显示器 |
164T |
92900 |
360x360 |
|
3 |
GT420M 128128-64T2T |
Xeon 银4314（16核@2.8GHz ）/ 128GB DDR4 /2*RTX4090 24GB/2TB M2.SSD系统盘 /5*18TB SATA企业级/塔式(2000w)/ 27寸-4K显示器 |
164T |
99990 |
360x360 |
|
4 |
GT650M 228192-72T2T |
2*Xeon 银4314（32核@2.8GHz ）/192GB DDR4 /2*RTX4090 24GB/3.84TB PCIeSSD系统盘/4*18TB SATA企业级/双塔(2000w)/ 27寸-4K显示器 |
164T |
112000 |
360x360 |
|
5 |
GA320P 157128-54T3T |
intel 13代高频处理器（24核，其中8核@5.7GHz，16核4.0GHz ）/ 128GB DDR5 /3*RTX4090 24GB /2TB M2.SSD系统盘 / 3*18TB SATA企业级/双塔式(2000w)/ 27寸-2K显示器
|
240T |
119900 |
400x400 |
|
6 |
GX650M 228256-126T4T |
2颗Xeon 银4316（40核@2.8GHz ）/ 256GB DDR4 /4*RTX4090 24GB/3.84TB PCIeSSD/126TB并行存储/双塔(2*2000w)/ 27寸-4K显示器 |
320T |
186000 |
500x500 |
|
7 |
GX650M 233384-240T6E |
2颗Xeon 金6326（32核@3.3GHz ）/ 384GB DDR4 /6*A6000 48GB /960GB SSD/7.68TB PCIeSSD系统盘 /240TB并行存储/双塔(2*2000w)/ 27寸-4K显示器 |
240T |
379000 |
600x600 |
关于RELION基准测试和计算机硬件资料
https://www3.mrc-lmb.cam.ac.uk/relion/index.php/Benchmarks_%26_computer_hardware#Accelerated_RELION.2C_using_GPUs_or_CPU-vectorization
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